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任务名称
选填，自定义任务名；留空则自动生成时间戳
OM
OpenMolLab
开放分子实验室 · 蛋白 APO MD
蛋白 APO 分子动力学模拟
在本页完成文件选择与参数确认。确认按钮只锁定页面配置，不会上传文件、创建任务或启动GPU。只有最后点击"提交模拟任务"后，系统才正式建立任务并执行体系准备、动力学模拟和轨迹分析。
上传PDB设置参数最终提交雄衡 Slurm01–07 自动运行
01
输入文件
上传单链蛋白 PDB 文件。仅支持标准氨基酸，不含金属/辅因子。
蛋白 PDB 文件仅PDB
蛋白结构预览 — 请检查蛋白结构是否正确
上传蛋白 PDB 后，将在这里显示结构预览
本模块用于单链纯蛋白 APO（无配体）分子动力学模拟。金属、辅因子体系应进入专用模块。
02
预处理参数
这里只设置参数。01、02、03脚本会在最终提交后才运行。
蛋白预处理
| 项目 | 默认设置 | 当前设置 | 类型 |
|---|---|---|---|
| 蛋白力场 | amber99sb | amber99sb | 固定 |
| 水模型 | TIP3P | TIP3P | 固定 |
| 输入策略 | 单PDB单链 | 单链蛋白APO | 自动 |
体系构建
| 项目 | 默认设置 | 当前设置 | 类型 |
|---|---|---|---|
| 蛋白力场 | amber99sb | amber99sb | 固定 |
| 水模型 | TIP3P | TIP3P | 固定 |
| 模拟盒 | 矩形水盒 | 矩形水盒 | 固定 |
| 水盒边界 | 12 Å | 12 Å | 固定 |
| 离子 | Na⁺/Cl⁻中和 | Na⁺/Cl⁻中和 | 固定 |
03
动力学参数
设置正式生产时间与轨迹帧数，页面实时计算nstlim与ntwx。
默认310 K
K
允许范围：273–330 K
默认1 bar
bar
允许范围：0.5–5 bar
默认100 ns
ns
允许范围：1–1000 ns
默认10000帧
帧
允许范围：100–50000帧
固定生产参数
| 模拟引擎 | GROMACS mdrun | 生产系综 | NPT |
| 时间步长 | 2 fs | 非键截断 | 1.0 nm |
| 温控方式 | V-rescale | 压力控制 | C-rescale |
| 预生产模拟 | 5 ns | 轨迹格式 | XTC |
04
最终确认与提交
这是唯一会上传文件、创建任务并触发GPU调度的操作。
当前尚未创建任何后端任务，也不会占用GPU资源。
本次消耗
上传蛋白后显示
（1积分=1元，提交时自动扣除，失败自动退款）
📖 积分计费方式说明
免费试用：首次 1ns + 单蛋白≤200aa / 复合物≤400aa，不扣积分。
计费公式：积分 = 向上取整(150 × 加权残基数/200 × 时长ns/100)，最低 70 积分。
阶梯累进：0–400aa ×1；401–800aa 超出部分 ×2；801–1000aa 超出部分 ×3；>1000aa 需联系客服。
扣费与退款：提交时自动扣除；任务失败自动全额退款；取消不退。
计费公式：积分 = 向上取整(150 × 加权残基数/200 × 时长ns/100)，最低 70 积分。
阶梯累进：0–400aa ×1；401–800aa 超出部分 ×2；801–1000aa 超出部分 ×3；>1000aa 需联系客服。
扣费与退款：提交时自动扣除；任务失败自动全额退款；取消不退。
默认 xhhgnormal